?

Log in

No account? Create an account

Previous Entry | Next Entry

С ума сошли генетики

Понимание биологической эволюции и без того трудно дается: заметные изменения у заметных организмов требуют времени, намного превышающего не только длительность человеческой жизни, но и всей нашей истории. А тут еще и сами эволюционные биологи наводят тень на плетень. Об одном таком случае я здесь уже писала, но еще больше это обнаруживается в новой книжке Евгения Кунина.


Целая глава в ней называется «Эволюция по Ламарку», и в качестве первого примера предлагается так называемая CRISPR защита бактерий от вирусов. Расшифровка этой аббревиатуры не важна для существа дела, а оно состоит в том, что бактерия захватывает кусок генома напавшего на нее вируса и встраивает его в свой. Потом она использует этот кусок для распознавания и уничтожения таких вирусов при их повторной атаке (примерно так, как пограничники, имея фотографию террориста, вяжут его при попытке проникнуть в страну).


Схема CRISPR защиты (отсюда): (1) вирус проникает в бактериальную клетку; (2) кусок вирусного генома встраивается в CRISPR-последовательность бактериального генома; (3) синтез CRISPR-РНК; (4) CRISPR-РНК направляет клеточную систему защиты на вирусный геном во время повторной атаки

Напомню, что идея Ламарка состояла в том, что изменение условий среды приводит к изменению строения организма, которое передается его потомкам. Ламарк, конечно, ничего не знал о механизме наследственности; но мы-то кое-что знаем. А раз так, то негоже нам называть «наследуемым влиянием среды» захват чужого генетического материала.

Разумеется, все, что не является рассматриваемым организмом, формально может быть обозначено как «среда». Кунин пользуется этой возможностью, причисляя к «среде» и чужеродные гены. Но по этой логике следует назвать «средой» и генного инженера, создающего генно-модифицированный организм ;)

На самом деле в переводе на современный язык гипотеза Ламарка означает, что регулярное вытягивание шеи привело бы к таким перестройкам жирафьей ДНК, что шеи его потомков стали бы длиннее. Ни один из разбираемых Куниным примеров не подходит под эту схему: бактерия приобретает «иммунитет» к вирусу отнюдь не путем упражнения в сопротивлении ему.

Мы уже обсуждали здесь занимательную книжку Джона Хоргана. Побеседовав с несколькими крупными эволюционистами, он пришел к выводу, что им не дают покоя лавры Дарвина. Действительно, едва ли можно назвать биолога, труды которого имели столь же фундаментальное значение. Отсюда (подсознательное?) желание увидеть сенсационное опровержение его взглядов даже там, где и близко нет ничего такого ;)

Tags:

Posts from This Journal by “жизнь” Tag

Comments

evgeniirudnyi
Jun. 9th, 2016 05:39 pm (UTC)
Если я правильно вас понял, то ваша позиция сводится к тому, что и так все понятно, и поэтому не надо умничать. Хотя, насколько я помню, вы например до сих пор не озвучили внятную позицию по вопросу, сводится биология к физике и химии или нет.

Кстати Карл Вёзе в своей статье Woese C.R., Goldenfeld N. (2009). How the Microbial World Saved Evolution from the Scylla of Molecular Biology and the Charybdis of the Modern Synthesis. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 73, 14–21 при обсуждении эволюции цитирует Alfred North Whitehead: “A science which hesitates to forget its founders is lost”.
egovoru
Jun. 9th, 2016 11:13 pm (UTC)
"Если я правильно вас понял, то ваша позиция сводится к тому, что и так все понятно, и поэтому не надо умничать"

Книжка, которую мы обсуждаем, вообще-то очень хорошая - рекомендую ее Вам: это детальная сводка современного состояния науки о наследственности и эволюции; ее полный текст наконец-то появился в сети, по ссылке из поста. К тому же написана она внятным языком без перегрузки техническими деталями. Но в главе о механизмах эволюции уважаемый автор незаметно производит подмену понятий, как фокусник незаметно достает кролика из рукава ;)

Когда мы говорим об адаптивном наследуемом влиянии среды, то мы имеем в виду влияние среды на гены (можно было бы сказать на ДНК, но у некоторых вирусов в качестве генетического материала выступает РНК). Среда - это по определению не гены, потому что в противном случае мы должны были бы говорить о взаимодействии генов с генами, а вовсе не о влиянии среды на них.

А пример, который приводит Кунин (описанный в посте) - как раз и есть пример взаимодействия генов с генами, как и весь более широкий класс явлений горизонтального переноса генов (который он тоже называет "квази-ламарковским" наследованием - "квази", поскольку у такого переноса в общем случае еще и нет никакой приспособительности). На самом же деле все эти явления к "влиянию среды", а следовательно и к ламаркизму, не имеют никакого отношения.
evgeniirudnyi
Jun. 10th, 2016 05:22 pm (UTC)
Ваша точки зрения противоречит тому, что говорят другие биологи, например тот же Кунин, далее Северинов и можно найти немало других. Пока то, что вы написали не убеждает в вашей правоте. В особенности последний параграф вашей заметки показывает, что вы отбрасываете рассмотрение Кунина изначально на уровне эмоций. Когда приводят такие аргументы, то остается только разводить руками.

Кстати, даже Жуков согласился с ламаркизмом у бактерий:

http://polit.ru/article/2010/04/27/zhukov_severinov/
egovoru
Jun. 10th, 2016 11:09 pm (UTC)
"что говорят другие биологи, например тот же Кунин, далее Северинов и можно найти немало других"

"Тот же Кунин" здесь не годится, поскольку мы именно и разбираем его книжку ;) Костя Северинов - ближайший соратник Кунина. Что же касается Бори, то обратите внимание на то, что он пишет: "Чтобы информация из окружающей среды могла быть прямо внесена в геном, нужно, чтобы она уже была записана на языке генома."

На мой взгляд, "информацию, записанную на языке генома" (даже чужого), никак нельзя именовать "средой". Ламаркизм, в переводе на сегодняшний язык, означал бы "обратный ход" информации от белка к нуклеиновым кислотам, а такого не бывает - и тот же Кунин в своей книжке это многократно и недвусмысленно подчеркивает. И бактерия приобретает "иммунитет" к вирусу вовсе не посредством упражнения (как было бы по Ламарку).

Назвав же чужеродную ДНК/РНК "средой", он совершает подлог, который наверняка запутает если не биолога, то человека из широкой публики, как уже запутал Вас :(

Edited at 2016-06-10 11:30 pm (UTC)
evgeniirudnyi
Jun. 11th, 2016 06:08 am (UTC)
Совершает Кунин подлог или нет могут решить только биологи. Однако, похоже, что биологи никак не могут соласиться между собой по многим вопросам. Интересно, что на этом пути биологи избегают открытой дискуссии между собой, а предпочитают выносить на публику обвинения друг другу в "подлоге".

Что вам например мешает написать открытое письмо Кунину, в которым вы обвините его в подлоге?
egovoru
Jun. 11th, 2016 11:51 am (UTC)
"Подлог" - конечно, очень нехорошее слово, не стоило его употреблять. Речь ведь идет не о подтасовке результатов или еще о чем-то таком, о чем следует немедленно заявлять в открытой печати. Речь идет об интерпретации и упирается в вопрос о том, стоит ли называть чужие гены "средой" или нет.

Разумеется, формально все, что не является рассматриваемым организмом, относится к "среде". Кунин и пользуется этой формальностью, когда называет криспр "ламарковским наследованием".

Но ведь когда мы задаемся вопросом о том, существует ли направленное (т.е., приспособительное) влияние среды на гены (то есть, ламарковский принцип наследования), мы разделяем мир на гены и не-гены и хотим узнать, могут ли гены целесообразно изменяться под действием не-генов. Ответ на этот вопрос - отрицательный, и Кунин его отнюдь не оспаривает.

Но он размывает эту проблему путем включения в "среду" также и генов других организмов. На мой взгляд, это концептуально и методологически неправильно. Если считать вирус, гены которого захватываются бактерией, средой - то тогда уж следует назвать "средой" и генного инженера, который создает генно-модифицированные организмы ;)

И особенно опасным мне кажется такое размывание в стране с лысенковской историей. Популярный читатель, услышав о том, что Ламарк, оказывается, был прав, ведь сразу вспомнит школьного ламарковского жирафа и начнет считать, что, если он культурист, то и дети у него родятся с накачанными мышцами, а потом - что и кукушку можно превратить в зяблика, если кормить соответственно :(

Edited at 2016-06-11 12:50 pm (UTC)